本次共有28个科研院所(含党校)的69个学科也申请参加了评估。科研院所的得分按与高校相同的方法计算得出，其学科整体水平得分如下：
2012年科研院所学科评估结果
| 一级学科代码及名称 | 高校和科研院所 参评数合计 | 单位代码及名称 | 学科整体水平得分 |
| 0201 理论经济学 | 57 | 87903 上海社会科学院 | 75 |
| 82405 中国环境科学研究院 | 67 | ||
| 0202 应用经济学 | 90 | 87903 上海社会科学院 | 70 |
| 89633 中共浙江省委党校 | 66 | ||
| 0301 法学 | 87 | 87903 上海社会科学院 | 68 |
| 0302 政治学 | 38 | 89631 中共上海市委党校 | 71 |
| 87903 上海社会科学院 | 69 | ||
| 89642 中共湖北省委党校 | 68 | ||
| 89650 中共重庆市委党校 | 68 | ||
| 0305 马克思主义理论 | 123 | 80000 中共中央党校 | 81 |
| 89633 中共浙江省委党校 | 72 | ||
| 0602 中国史 | 59 | 87903 上海社会科学院 | 70 |
| 0603 世界史 | 49 | 87903 上海社会科学院 | 71 |
| 0701 数学 | 103 | 82817 中国工程物理研究院 | 75 |
| 0702 物理学 | 89 | 82817 中国工程物理研究院 | 79 |
| 82801 中国原子能科学研究院 | 74 | ||
| 0706 大气科学 | 9 | 82405 中国环境科学研究院 | 71 |
| 0710 生物学 | 102 | 82101 中国农业科学院 | 79 |
| 82405 中国环境科学研究院 | 67 | ||
| 0713 生态学 | 80 | 82101 中国农业科学院 | 77 |
| 82405 中国环境科学研究院 | 73 | ||
| 0714 统计学 | 88 | 87903 上海社会科学院 | 65 |
| 0801 力学 | 40 | 82817 中国工程物理研究院 | 75 |
| 0803 光学工程 | 39 | 82817 中国工程物理研究院 | 77 |
| 0804 仪器科学与技术 | 34 | 85801 中国计量科学研究院 | 73 |
| 0807 动力工程及工程热物理 | 46 | 82304 西安热工研究院 | 68 |
| 0808 电气工程 | 42 | 82302 中国电力科学研究院 | 81 |
| 0814 土木工程 | 71 | 82306 南京水利科学研究院 | 69 |
| 83301 煤炭科学研究总院 | 66 | ||
| 0817 化学工程与技术 | 70 | 83301 煤炭科学研究总院 | 69 |
| 83704 中国日用化学工业研究院 | 66 | ||
| 0818 地质资源与地质工程 | 21 | 83306 中煤科工集团西安研究院 | 72 |
| 0819 矿业工程 | 19 | 83301 煤炭科学研究总院 | 73 |
| 82604 中钢集团马鞍山矿山研究院 | 69 | ||
| 83307 中煤科工集团唐山研究院 | 66 | ||
| 0826 兵器科学与技术 | 12 | 82816 中国工程物理研究院（化工材料研究所） | 73 |
| 0827 核科学与技术 | 12 | 82817 中国工程物理研究院 | 81 |
| 82801 中国原子能科学研究院 | 80 | ||
| 0828 农业工程 | 26 | 82101 中国农业科学院 | 74 |
| 0829 林业工程 | 11 | 82201 中国林业科学研究院 | 86 |
| 0830 环境科学与工程 | 84 | 82405 中国环境科学研究院 | 73 |
| 82101 中国农业科学院 | 69 | ||
| 0832 食品科学与工程 | 52 | 82101 中国农业科学院 | 73 |
| 0834 风景园林学 | 39 | 82201 中国林业科学研究院 | 71 |
| 0837 安全科学与工程 | 23 | 83304 煤炭科学研究总院沈阳研究院 | 71 |
| 83301 煤炭科学研究总院 | 67 | ||
| 0901 作物学 | 36 | 82101 中国农业科学院 | 91 |
| 0902 园艺学 | 23 | 82101 中国农业科学院 | 86 |
| 0903 农业资源与环境 | 18 | 82101 中国农业科学院 | 80 |
| 0904 植物保护 | 23 | 82101 中国农业科学院 | 88 |
| 0905 畜牧学 | 27 | 82101 中国农业科学院 | 83 |
| 0906 兽医学 | 24 | 82101 中国农业科学院 | 90 |
| 0907 林学 | 23 | 82201 中国林业科学研究院 | 87 |
| 0909 草学 | 21 | 82101 中国农业科学院 | 75 |
| 1001 基础医学 | 47 | 87112 北京市结核病胸部肿瘤研究所 | 66 |
| 88002 江苏省血吸虫病防治研究所 | 65 | ||
| 88101 浙江省医学科学院 | 64 | ||
| 1002 临床医学 | 53 | 87120 首都儿科研究所 | 67 |
| 87112 北京市结核病胸部肿瘤研究所 | 67 | ||
| 87110 北京市心肺血管疾病研究所 | 66 | ||
| 1004 公共卫生与预防医学 | 34 | 88101 浙江省医学科学院 | 65 |
| 1005 中医学 | 21 | 84502 中国中医科学院 | 84 |
| 1006 中西医结合 | 27 | 84502 中国中医科学院 | 87 |
| 1007 药学 | 49 | 88101 浙江省医学科学院 | 66 |
| 1008 中药学 | 29 | 84502 中国中医科学院 | 85 |
| 1201 管理科学与工程 | 103 | 82101 中国农业科学院 | 66 |
| 1203 农林经济管理 | 30 | 82101 中国农业科学院 | 75 |
| 1204 公共管理 | 61 | 89633 中共浙江省委党校 | 66 |
| 1205 图书情报与档案管理 | 29 | 82101 中国农业科学院 | 68 |