本一级学科中，全国具有“博士一级”授权的高校共34所，本次有27所参评；还有部分具有“博士二级”授权和硕士授权的高校参加了评估；参评高校共计44所。 注：以下相同得分按学校代码顺序排列。
学科评估高校排名：1001基础医学(2012年)
| 学校代码及名称 | 学科整体水平得分 |
10001 北京大学 | 91 |
10246 复旦大学 | 88 |
10023 北京协和医学院 | 85 |
10248 上海交通大学 | |
10533 中南大学 | 82 |
10558 中山大学 | |
10312 南京医科大学 | 80 |
10487 华中科技大学 | |
90030 第二军医大学 | |
10335 浙江大学 | 79 |
10183 吉林大学 | 77 |
10422 山东大学 | |
10285 苏州大学 | 76 |
10610 四川大学 | |
12121 南方医科大学 | |
10159 中国医科大学 | 74 |
10486 武汉大学 | |
10631 重庆医科大学 | |
10698 西安交通大学 | |
10025 首都医科大学 | 73 |
10062 天津医科大学 | |
10226 哈尔滨医科大学 | |
10559 暨南大学 | 71 |
10161 大连医科大学 | 70 |
10459 郑州大学 | |
11065 青岛大学 | |
10055 南开大学 | 69 |
10247 同济大学 | |
10598 广西医科大学 | |
10299 江苏大学 | 67 |
10475 河南大学 | |
10730 兰州大学 | |
90115 解放军总医院（军医进修学院） | |
10160 辽宁医学院 | 65 |
10184 延边大学 | |
10222 佳木斯大学 | |
10313 徐州医学院 | |
10743 青海大学 | |
10759 石河子大学 | |
10760 新疆医科大学 | |
11117 扬州大学 | |
10201 北华大学 | 63 |
10346 杭州师范大学 | |
11075 三峡大学 |