本一级学科中，全国具有“博士一级”授权的高校共36所，本次有25所参评；还有部分具有“博士二级”授权和硕士授权的高校参加了评估；参评高校共计36所。 注：以下相同得分按学校代码顺序排列。
学科评估高校排名：0831生物医学工程(2012年)
| 学校代码及名称 | 学科整体水平得分 |
| 10286 东南大学 | 93 |
| 10003 清华大学-北京协和医学院（清华大学医学部） | 87 |
| 10248 上海交通大学 | 85 |
| 10487 华中科技大学 | |
| 10610 四川大学 | 82 |
| 10006 北京航空航天大学 | 81 |
| 10335 浙江大学 | |
| 10611 重庆大学 | |
| 10698 西安交通大学 | |
| 10001 北京大学 | 77 |
| 10614 电子科技大学 | |
| 10007 北京理工大学 | 73 |
| 10056 天津大学 | |
| 10246 复旦大学 | |
| 10561 华南理工大学 | |
| 10631 重庆医科大学 | |
| 10025 首都医科大学 | 72 |
| 10145 东北大学 | |
| 10247 同济大学 | |
| 10252 上海理工大学 | |
| 10533 中南大学 | 70 |
| 12121 南方医科大学 | |
| 10112 太原理工大学 | 69 |
| 10226 哈尔滨医科大学 | |
| 10699 西北工业大学 | |
| 10255 东华大学 | 67 |
| 10343 温州医学院 | |
| 10532 湖南大学 | |
| 10280 上海大学 | 65 |
| 10524 中南民族大学 | |
| 90115 解放军总医院（军医进修学院） | |
| 10142 沈阳工业大学 | 63 |
| 10158 大连海洋大学 | |
| 10186 长春理工大学 | |
| 10730 兰州大学 | |
| 11660 重庆理工大学 |