本一级学科中，全国具有“博士一级”授权的高校共18所，本次有15所参评；还有部分具有“博士二级”授权和硕士授权的高校参加了评估；参评高校共计22所。 注：以下相同得分按学校代码顺序排列。
学科评估高校排名：0904植物保护(2012年)
| 学校代码及名称 | 学科整体水平得分 |
| 10019 中国农业大学 | 92 |
| 10335 浙江大学 | 90 |
| 10307 南京农业大学 | 84 |
| 10712 西北农林科技大学 | |
| 10389 福建农林大学 | 80 |
| 10564 华南农业大学 | |
| 10055 南开大学 | 78 |
| 10504 华中农业大学 | |
| 10676 云南农业大学 | |
| 10434 山东农业大学 | 73 |
| 10635 西南大学 | |
| 10086 河北农业大学 | 71 |
| 10157 沈阳农业大学 | |
| 10537 湖南农业大学 | |
| 10113 山西农业大学 | 68 |
| 10364 安徽农业大学 | |
| 11117 扬州大学 | |
| 10589 海南大学 | 66 |
| 10758 新疆农业大学 | 65 |
| 10759 石河子大学 | |
| 10467 河南科技学院 | 63 |
| 10489 长江大学 |