本一级学科中，全国具有“博士一级”授权的高校共18所，本次有17所参评；还有部分具有“博士二级”授权和硕士授权的高校参加了评估；参评高校共计25所。 注：以下相同得分按学校代码顺序排列。
学科评估高校排名：0828农业工程(2012年)
| 学校代码及名称 | 学科整体水平得分 |
| 10019 中国农业大学 | 96 |
| 10335 浙江大学 | 85 |
| 10183 吉林大学 | 83 |
| 10712 西北农林科技大学 | |
| 10299 江苏大学 | 79 |
| 10564 华南农业大学 | |
| 10224 东北农业大学 | 75 |
| 10129 内蒙古农业大学 | 73 |
| 10466 河南农业大学 | |
| 10157 沈阳农业大学 | 72 |
| 10294 河海大学 | |
| 10307 南京农业大学 | 70 |
| 10434 山东农业大学 | |
| 10504 华中农业大学 | |
| 10635 西南大学 | 69 |
| 10681 云南师范大学 | |
| 10086 河北农业大学 | 68 |
| 10113 山西农业大学 | |
| 10733 甘肃农业大学 | |
| 10222 佳木斯大学 | 66 |
| 10610 四川大学 | |
| 10158 大连海洋大学 | 64 |
| 10389 福建农林大学 | |
| 10593 广西大学 | |
| 10758 新疆农业大学 |