在学术发展上，特定专业领域的硕士研究生包括研究所的专业硕士也是完全有资格申请博士研究生项目的。在实际操作中，许多博士研究生项目鼓励并欢迎来自各种不同背景的申请者，包括专业硕士。具体请见下文。
对于研究所的专业硕士来说，在申请博士项目的过程中可能需要面临和解决一些具有挑战性的问题。
首先，来自研究所的专业硕士的考生需要理解，他们的研究背景可能和申请的博士项目有所不同。因为研究所的专业硕士课程通常更注重专业技能的培训和实践应用，对于理论研究和学术性的训练相对较少。因此，考生需要在申请过程中充分展现自己在相关领域的知识基础和研究能力，甚至可能需要花费额外的时间和精力去补充相关的学术背景。
其次，研究所专业硕士生在申请博士项目时，可能需要面临的另一个挑战是缺乏研究经验。由于多数专业硕士项目的设计初衷并不是为了培养学术研究型人才，因此，他们可能没有过多的机会参与到具有挑战性的研究项目中。对此，考生可能需要寻找机会参加实习、研究项目或者以其他形式积累研究经验。
最后，考生需要找到愿意提供指导和支持的博士研究导师。因为考生可能在之前的学习经历中没有过多接触到学术研究，因此，找认同自己并且有能力指导自己的导师显得尤为重要。
专硕考博的难度较学术硕士更大的原因是专业硕士修学年限一般较同专业的学术硕士短，基本上都是两年。两年意味着考生需要从刚读研就要考虑考博问题，或者刚到研二就要确定考博的专业，学校及导师，并且需要开始着手复习。不论是考试制的复试面试环节还是考核制，都是科研成果越多，发表的论文或参加的国内外学术会议越多越加分。那么专硕较学硕少了一年就少了很多参会或者发表论文参加科研项目的机会，面试和考核时的竞争力相对就会弱一些。
总的来说，虽然研究所的专业硕士在申请博士研究生项目时可能会遇到一些挑战，但只要他们有清晰的目标，付出必要的努力，并取得必要的指导和支持，考生就有可能成功地实现从专业硕士到博士的转变。