“博士学位论文评阅中的创新性一票否决制度”规定，博士学位论文预答辩完成以及学位论文的进一步完善和修改过程结束后，由导师提供10名校外同行专家名单，报请学位办公室申请进行论文评阅。在评阅意见中只要有一位专家认为论文没有创新性成果或者创新性不明显，应暂缓安排其论文答辩。复议中只要有一位专家认为该论文在创新性方面未达到要求者，则不能组织答辩。
而“学位申请一次不通过率制度”则规定南开大学的博士学位申请分为两个阶段，首先由专家对论文质量进行审核，投票决定其是否能通过学位申请。另外，评定委员会还要对质量排序，前10％为推荐的优秀论文，后10％再进行重点审核。重点审核时，专家进行无记名投票，对没有达到最低得票数的申请人，学校不接受其学位申请，并给予一年时间进行修改。
同时规定理工科博士生在校期间应有一篇论文各被SCI、EI检索收录；人文社会科学博士生一般应有一篇论文为SSCI收录。此外，还计划推出博士论文风险基金，对可能做出高水平研究成果的博士生予以资助，鼓励博士生对论文精益求精。