河海大学为了进一步提高博士生的招生质量，按照有利于拔尖创新人才选拔以及公平、公正的原则，制定实施《河海大学博士研究生招生申请-审核制工作办法(试行)》，积极推进博士生招生制度改革。
招录过程中，坚持全面考查，科学选拔，建立具有特殊学术专长和突出创新能力人才的选拔机制。原则上，申请者应为教育部批准设立研究生院的单位、其他高校国家重点学科(含培育)或学科排名前20%的学科的全日制应届毕业生，或已取得国外一流大学硕士学位的研究生;硕士阶段课程成绩优良，专业基础扎实，对科学研究兴趣浓厚，英语水平较高，具有较突出的科研能力和较强的创新意识，已取得较好的科研成果。对于确有特殊学术专长和突出科研能力的申请者，可另行申请，由学校组织专门评审。
充分发挥学院、学科在选拔中的主体作用，健全知识、能力与素质并重的考核体系。研究生院择优确定进入综合考核的人选后，各院系在一级或二级学科内成立由不少于5名教授(其中至少3名博士生导师)组成的专家组对申请者进行全面考核，考核分为外语水平、专业基础知识和综合能力三部分，采取笔试、面试或相结合的方式进行。各学院根据综合考核的成绩情况，对考生的考核结果提出拟录取意见，报学校研究生招生工作领导小组复核批准并公示。