东南大学共有4篇博士学位论文入选2013年全国优秀博士学位论文，它们的作者分别是建筑学院朱渊(指导教师王建国)、能源与环境学院张勇(指导教师金保昇)、信息科学与工程学院蒋卫祥(指导教师崔铁军)、信息科学与工程学院李潇(指导教师高西奇)。
另外，数学系王俊(指导教师徐君祥)、经济管理学院李守伟(指导教师何建敏)、医学院柏峰(指导教师张志珺)等3人的博士学位论文获2013年全国优秀博士学位论文提名论文。
近年来，东南大学大力推进研究生培养机制改革，健全研究生培养质量的内在激励机制和长效保障机制，鼓励研究生勇于创新，开拓进取，全面提高研究生培养质量，通过采取设立优秀博士学位论文培育基金、博士生国际合作交流基金等一系列措施，全面提高博士学位论文质量，取得了显著成效。